กรมประมงได้ออกระเบียบกรมประมงว่าด้วยการจดทะเบียนสถานที่เพาะเลี้ยงและขอใบ รับรองสุขภาพตะพาบน้ำมีชีวิตเพื่อการส่งออก 2544 โดยมีวัตถุประสงค์เพื่อแก้ไขปัญหาการส่งออกตะพาบน้ำ ทั้งนี้เนื่องจากประเทศจีนซึ่งเป็นผู้นำเข้าตะพาบน้ำจากไทยได้ตรวจพบเชื้อ โรคท้องร่วงในตะพาบน้ำที่นำเข้าจากประเทศไทย จึงเริ่มเข้งวดกับตะพาบน้ำจากประเทศไทย ประกอบกับฮ่องกงได้ออกระเบียบสำหรับตะพาบน้ำที่จะนำเข้าฮ่องกงต้องมีใบ รับรองว่าตะพาบน้ำปราศจากยาและสารเคมีตกค้าง แหล่งเลี้ยงตะพาบน้ำต้องปราศจากเชื้อ Vibrio cholerae ซึ่งเป็นสาเหตุของโรคท้องร่วง และตะพาบน้ำต้องไม่แสดงอาการเจ็บป่วยภายใน 24 ชั่วโมงก่อนการส่งออก นอกจากนั้นกรมประมงได้ส่งเจ้าหน้าที่ระดับสูงไปเจรจากับทางจีนเกี่ยวกับการ ลดขั้นตอนการกักกันการนำเข้าตะพาบน้ำจากไทย ซึ่งทางการจีนได้ยื่นข้อเสนอ ว่าไทยจะต้องทำการจดทะเบียนฟาร์มผู้เลี้ยงตะพาบน้ำ และทำโครงการเผ้าระวังสุขอนามัยตะพาบน้ำอย่างต่อเนื่อง ซึ่ง มาตรการที่เข้มงวดต่อคุณภาพตะพาบน้ำ มีผลกระทบโดยตรงต่อตลาดตะพาบน้ำของไทย และความจำกัดของตลาดทำให้ราคาตะพาบน้ำตกต่ำ เพื่อเป็นการแก้ไขปัญหาดังกล่าว เกษตรกรจะต้องเร่งปรับปรุงด้านการจัดการฟาร์มของตนเองให้ถูกสุขอนามัย และจดทะเบียนสถานที่ประกอบการเพาะเลี้ยงตะพาบน้ำเพื่อการส่งออกกับกรมประมง เพื่อหาทางรักษาตลาดตะพาบน้ำของเราไว้ โดยในวันที่ 20 ธันวาคม พ.ศ. 2544 เป็นต้นไป กรมประมงจะออกใบรับรองสุขภาพตะพาบน้ำเพื่อการส่งออกให้กับตะพาบน้ำที่ผลิต จากฟาร์มตะพาบน้ำที่จดทะเบียนสถานที่เพาะเลี้ยงตะพาบน้ำกับกรมประมงเท่านั้น ซึ่งตะพาบน้ำที่จะส่งออกไปยังประเทศจีน และฮ่องกงจำเป็นต้องใช้ใบรับรองสุขภาพตะพาบน้ำเป็นเอกสารประกอบการส่งออก ดังนั้นผู้ส่งออกตะพาบน้ำที่จะขอรับใบรับรองสุขภาพตะพาบน้ำจะต้องรับซื้อ ตะพาบน้ำที่มีสุขภาพดีจากฟาร์มที่จดทะเบียน และต้อมีหนังสือกำกับการจำหน่ายตะพาบน้ำ กปม./สส.6 ประกอบการยื่นคำขอใบรับรองสุขภาพตะพาบน้ำ
กรณีที่เกษตรกรมิได้จดทะเบียนสถานทีเพาะเลี้ยงตะพาบน้ำเพื่อการส่งออกกับกรมประมง จะมีผลให้เกษตรกรไม่สามารถจำหน่ายตะพาบน้ำแก่ผู่ส่งออกตะพาบน้ำได้
